(2) Darunter folgen Radio-Buttons, mit denen sich die Behandlung von Reflection festlegen lässt. Sie entsprechen den Optionen -d und -a (siehe Reflection).

(3) Die folgenden Checkboxen erlauben es, Dateien aus Extension-Verzeichnissen mit in das Archiv zu übernehmen (Option -e) und den Classpath auch für die Suche nach normalen Dateien zu verwenden (Option -b).

Bei den folgenden Eingabefeldern kann entweder eine direkte Angabe gemacht werden oder durch Klick auf "..." ein Auswahldialog gestartet werden.

(4) Hier wird der Pfad der Ausgabedatei eingegeben. Diese Angabe ist obligatorisch. Wenn die Endung .jar ist, wird automatisch ein MANIFEST-Eintrag hinzugefügt.

(5) Wenn eine eigene Manifest-Datei angegeben wird, übernimmt Autojar ihren Inhalt in die MANIFEST-Datei des erzeugten Archivs. Falls sie einen Main-Class-Eintrag enthält, wird diese Klasse automatisch gesucht und eingebunden, wie immer einschließlich aller direkt oder indirekt referenzierten Klassen.

(6) Hier kann man eine Textdatei angeben, die eine Liste von zu suchenden Klassennamen enthält (einen pro Zeile). Die Angabe ist nicht unbedingt nötig, da Klassen normalerweise direkt über den Wizard eingegeben werden, ermöglicht es aber, längere Klassenlisten unabhängig von Eclipse vorzubereiten.